Una de las mayores desventajas es el costo de producción de una planta geotérmica: la perforación de las superficies rocosas duras es un proceso costoso. Por otro lado, si bien algunos residuos del aire se pueden limpiar, otros pueden resultar tóxicos y contaminantes, como el sulfuro de hidrogeno que es toxico en grandes cantidades, pero además genera mal olor en pequeñas cantidades. La instalación de una planta depuradora de olores, por su parte, encarece el costo de la plata total. Además, sin un adecuado tratamiento, los depósitos de aguas subterráneas pueden verse contaminados por sólidos disueltos y escurrimiento de metales pesados (como mercurio y arsénico). Otra desventaja es la escasez de yacimientos de fácil acceso.
Contaminación de aguas próximas con sustancias como arsénico, amoníaco, etc.
Contaminación térmica.
Deterioro del paisaje.
No se puede transportar (como energía primaria).
No está disponible más que en determinados lugares
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